无尘车间设计的第一步是确定洁净度等级。依据国家标准，洁净室按单位体积空气中悬浮粒子浓度划分为不同等级，常见如十万级、万级、千级乃至百级。等级越高，对空气中微粒的控制越严格。食品、化妆品通常要求十万级或万级，而药品灌装、精密电子则往往需要千级甚至百级环境。明确等级是后续布局与设备选型的前提。
合理的无尘车间工程必须进行清晰的功能分区。一般划分为一般区、准洁净区与洁净区，并设置缓冲、更衣、风淋等过渡空间。人流与物流应当分离，物料经传递窗或货淋进入，人员经更衣风淋后进入，最大限度减少交叉污染。设计阶段应绘制详细的流向图，避免洁净区被低级别区域直接穿透。
气流组织直接影响洁净效果。常见方式有顶送侧回、满布垂直层流等。无尘车间工程中，高效送风口应均匀布置于吊顶，确保洁净气流覆盖全部操作面。回风口宜设在侧墙下侧，形成稳定流向。设计中还需核算换气次数，万级车间通常不少于25次每小时，百级则需层流覆盖。
相邻洁净级别之间应保持不低于10帕的正压差，高洁净区相对低洁净区为正压，防止污染倒灌。设计中需配置泄压阀与风量平衡装置。
墙面、吊顶宜选用不产尘、易清洁的彩钢板；地面采用环氧自流平或PVC；所有阴阳角做成圆弧过渡，减少积尘。灯具嵌入吊顶并密封。细节决定长期运行的稳定性。
无尘车间设计规范并非孤立条文，而是等级、分区、气流、压差与材料的系统工程。科学设计能降低后期改造与能耗成本，是净化项目成功的基础。